Saison 6

Jane débute une enquête sur les lieux d’un meurtre en poussant à bout le compagnon de la défunte. Ce dernier le prend en otage et tue un policier. Face aux méthodes critiquables de l’équipe du CBI, Bertram décide d’éloigner Jane et Lisbon de Sacramento. Ils partent enquêter sur une affaire en plein désert et sont étonnés de retrouver Partridge sur place. Pendant que Jane tente d’élucider le meurtre commis dans cette région désertique, Lisbon confie à Van Pelt les noms des personnes qu’il soupçonne d’être John le Rouge. Jane est scandalisé car il sait que désormais tous ses collaborateurs sont en danger.

La voiture d’un homme explose alors qu’il est au volant. Il semble avoir été touché par un objet volant. La victime, Teddy Stone, travaillait pour une société qui développe des drones. En enquêtant, l’équipe du CBI découvre que Stone avait mis au point un drone destiné à l’armée, le Redbird, qui a posé problème au cours d’une mission en Afghanistan et a tué une dizaine de civils. Mais Jane apprend également que l’homme était féru des samouraïs et de leur code d’honneur, et conclut que l’homme s’est en fait suicidé après avoir été contraint par ses patrons d’étouffer l’affaire. Dans le même temps, Teresa se remet de l’agression de John le Rouge et demande à Van Pelt de cesser la surveillance des suspects présents sur la liste de Jane. Se faisant, elle se rend compte que trois d’entre eux : Bertram, Reede et le shérif McAllister, sont tous réunis dans le bureau du directeur du CBI, et Jane décide d’aller les affronter.

Jane imprime les rapports d’homicides et propose d’enquêter sur une affaire ayant pour décor Nappa Valley, le territoire du shérif Mac Allistair. C’est pour lui l’occasion de percer le mystère d’un autre suspect de sa liste. Le cadavre est celui d’un homme invité à un mariage. Le décès de ce dernier influe sur le moral de la mariée qui décide d’annuler la fête. Jane demande alors à Vanpelt de faire en sorte que ce mariage ait lieu. Pendant qu’elle tente de convaincre la mariée que le bonheur est à portée de main, Grace révèle ses propres espoirs et son rêve de petite fille. Sensible à ces propos, Rigsby lui propose de l’épouser...

Lisbon et Jane sont appelés sur une scène de crime par Reede Smith et découvrent le cadavre torturé de Benjamin Marx, un suspect d’une ancienne affaire que Jane avait enterré vivant pour lui soutirer des aveux. Smith accuse Jane d’être impliqué dans son meurtre, mais Jane avoue à Lisbon avoir constitué une fausse liste de suspects de John le Rouge potentiels sur laquelle était inscrit le nom de Marx. Quelqu'un s’est, en effet, introduit dans son bureau pour lui voler cette liste et élimine désormais un à un les hommes qui y apparaissent. Jane décide de contacter Hightower pour savoir qui le surveille et il découvre qu’elle serait morte dans un accident au Mexique. Il se rend chez la tante d’Hightower et écrit un message sur le site internet créé pour rendre hommage à son ancien chef de service. Il a, en fait, compris qu’elle n’était pas morte et lui envoie un message codé pour lui donner rendez-vous. Là, elle lui apprend qu’il est surveillé depuis presque dix ans par la sécurité intérieure.

Charles Parkman est assassiné dans un hôtel où il s’apprêtait à donner une conférence. Alors qu’ils enquêtent dans le club de gymnastique qu’il avait fondé, Jane et Cho sont abordés par Kira Tinsley, une jeune femme très étrange et extrêmement curieuse. Alors que Cho est sur le point de succomber à son charme, Jane découvre qu’elle est détective privée et qu’elle agit pour le compte de John Le Rouge...

Jane décide de réunir les cinq hommes susceptibles d’être John Le Rouge qui restent sur sa liste dans sa maison familiale afin de vérifier lequel d’entre eux a le tatouage à trois points que porte le tueur en série. Pour ce faire, il doit les convoquer un à un sans leur indiquer la vraie raison de ce rendez-vous. Le plus difficile à atteindre est Bret Stiles qui, recherché par le FBI, s’est réfugié au consulat équatorien. Jane réussit à trouver un moyen de le faire sortir sans qu’il se fasse intercepter par l’agence gouvernementale. Les cinq suspects finissent donc par le rejoindre au rendez-vous donné à son domicile et Jane leur demande de lui montrer leur épaule gauche, sous la menace d’un fusil. Un coup de feu s’ensuit et la maison fini par exploser sous les yeux effarés de Lisbon, que Jane avait réussi à évincer un peu plus tôt...

Suite à une violente explosion survenue chez lui alors qu’il avait réuni toutes les personnes soupçonnées d’être John Le Rouge, Jane se retrouve dans le coma. A son réveil, Lisbon lui apprend la mort de trois des suspects et l’informe qu’elle a lancé un avis de recherche contre Reede Smith. Mais Jane lui explique que c’est sur Bertram qu’il faut concentrer les recherches car, selon lui, le patron du CBI est le tueur en série. Reede Smith demande l’aide du CBI car il se sent menacé par un réseau puissant constitué de policiers, de juges et de personnalités influentes : l’association Blake, créée par John Le Rouge.

Le FBI décide de dissoudre l'équipe de Lisbon. Après dix années de traque, Patrick Jane affronte enfin John le Rouge. Comme il s'y attendait, le tueur en série, qui a assassiné son épouse et sa fille, est un homme que Jane connaît bien....

Deux ans se sont écoulées depuis la mort de John le Rouge, Patrick s'est exilé à l'extérieur des États-Unis et vit une vie paisible sur une île mexicaine. Il n'a pas oublié Lisbon et lui écrit des lettres. Grace et Rigsby sont maintenant propriétaire de leur propre entreprise de sécurité informatique. Un jour, l'agent Abott arrive sur l'île où se trouve Patrick. Il lui demande de devenir consultant pour le FBI, selon les termes d'un contrat préétablis, ce que Patrick refuse. Entre temps, il fait la connaissance de Kim Fisher. Une amitié s'installe entre eux, si bien qu'avant de partir pour les États-Unis, Kim lui laisse son numéro de téléphone et lui fait comprendre le sens de l'expression : « Tourner la page ». Patrick décide de rentrer avec l'agent Denis Abott, mais à ses conditions. Ce dernier accepte les conditions de Patrick. Arrivé en sol américain, à Austin, au Texas, Patrick découvre que Cho est maintenant un agent du FBI et que Lisbon a été invitée. Pensant que ses conditions allaient être respecté, Patrick suit Abott mais il s'aperçoit que l'agent Abott a changé les règles de l'accord. Patrick refuse les nouvelles conditions. Denis s'apprête à arrêter Jane quand Kim fait intrusion dans la salle de réunion comme étant l'agent Fisher. Des retrouvailles qui font plaisir à Jane.

Trois mois ont passé depuis que Patrick est emprisonné. L'agent Fisher vient rencontrer Teresa et lui demande de venir travailler avec Jane. Teresa hésite. Kim lui dit que c'est l'une des requêtes de Jane. Lisbon va voir Jane et arrive à le convaincre de travailler avec le FBI. La nouvelle affaire de Jane est la disparition d'Abel Schneiderman. Abel travaillait pour la réserve fédéral américaine. Abel était marié et avait une épouse du nom de Defiance. À la grande surprise de Dennis et de Kim, Jane découvre que Defiance est une gitane et explique la raison qui l'ont poussé à cette conclusion. L'agent Fisher tente de prendre une distance avec Jane tout en gardant le contrôle. Jane rencontre Defiance qui le teste sur ces (faux) dons de « médium ». Defiance révèle qu'elle connaît un autre médium du nom de Cléo. Par la suite, Jane s'enfuit et poste une enveloppe à Dennis, avant de se faire arrêter à nouveau. L'agent Fisher reçoit des conseils de Cho sur comment contrôler Patrick Jane. En prison, Jane révèle à Kim qu'Abel a tué et décapité Cléo, car il le soupçonnait de coucher avec Defiance. Méfiante, l'agent Fisher et Abbott vérifie dans le jardin d'Abel. Abbott et Fisher trouve une main enterré dans le pot d'une plante. Jane avait raison. Au cours de l'enquête, le FBI découvre la véritable identité de Cléo et Jane indique à Fisher et à Abbott l'endroit où se trouve Abel Schneiderman. Au terme de l'enquête, Dennis propose à Jane un poste au sein du FBI et d'effacer complètement les charges du meurtre de Thomas McAllister. Jane accepte seulement sous conditions et avec garanties qu'elles sont remplies. Dennis refuse de se plier au condition de Jane. Patrick lui indique alors la lettre qu'il a envoyé. Dennis découvre la liste des membres de l'association Blake dont certains noms sont rayés de noirs. Pensant avoir arrêté ou congédié tous les membres de cette association, Dennis exige de Jane qu'il lui donne les noms rayés. Jane refuse et retourne en prison. Quelques semaines plus tard, Teresa vient rendre visite à Jane et lui remet un cadeau : des chaussettes grises, gardant les pieds au chaud. Teresa lui dit que le FBI lui a offert un emploi afin de travailler avec lui. Cependant, elle lui demande comment il les a fait changer d'avis. Jane lui explique alors comment il a procédé.

Patrick et le FBI enquêtent sur une fusillade qui a eu lieu dans les locaux des agents de la DEA, à Corpus Christi (Texas). Au cours de l'enquête, Patrick piège Krystal Markham, l'instigatrice de la fusillade, en faisant semblant de tomber sous son charme.

Patrick et le FBI enquêtent sur la mort de Charles Whitaker, 32 ans, ingénieur informaticien, spécialiste en cartographie, dans les locaux de la compagnie Cartesian. Patrick, ayant découvert un journal financier dans l'appartement de Charles, arrive aux mêmes conclusions que Teresa et Kim, qui ont interrogé les employés. Comme la compagnie travaillait pour le Pentagone, Charles soupçonnait un employé d'être un espion pour le compte d'un autre pays. Patrick, avec l'aide de Kim et Teresa, découvre cet espion mais aussi le véritable client pour lequel l'espion vendait les informations de Cartesian. En parallèle, Teresa réfère Osvaldo Ardiles à la compagnie de Grace et de Wayne pour son problème de téléphone. Osvaldo disparaît et Wayne part à sa recherche. Grace découvre, grâce à la géolocalisation de son téléphone portable, l'endroit où se trouve Ardiles. Wayne le trouve alors, assassiné. Grace découvre par ailleurs que chaque téléphone portable de l'ancienne équipe de Teresa Lisbon au CBI (Jane, Cho, Rigsby, Lisbon et elle-même) a été piraté. Elle avertit alors Wayne qui ne répond pas au téléphone.

L'investigation de Jane le mène à rejoindre une commune séparatiste après la découverte d'une avocate américaine retrouvée morte à Mexico, même s'il n'y a aucune trace de son passage à la frontière. En essayant de découvrir le meurtrier, Jane part en infiltration dans la communauté pour en savoir plus afin de découvrir la raison et qui l'a tué. Pendant l'enquête, Jane offre un cadeau personnel à chacun des membres du FBI, Abbot, Fisher, Cho, Wylie mais pas à Lisbon. De leur côté, Rigsby et Van Pelt arrive à convaincre LaRoche de les aider à découvrir qui est en veut aux anciens membres du CBI. Alors que JJ LaRoche et Rigsby sont sur la piste de la personne qui est après eux, ils se rendent tous les deux dans un vieux bâtiment abandonné où LaRoche se fait tirer dessus par un fusil piégé par un mécanisme qui a déclenché le tir automatiquement. Plus tard, JJ LaRoche meurt de ses blessures.

Rigsby et Van Pelt sont attaqués par un homme armé à leur domicile. Le FBI tente d'identifier cet homme et nomme les deux anciens agents consultants sur cette affaire. Une liste de suspects est établie, constituée de criminels que le CBI a arrêté par le passé. En parallèle, Lisbon et son équipe sont chargés de résoudre le meurtre de Dan Becker, membre d'une association secrète se battant contre le géant du pétrole Millman Oil qui œuvre dans la région. Plus tard, Rigsby téléphone à Van Pelt pour la prévenir qu'il rentrera plus tard que prévu, seule dans sa chambre d'hôtel, Grace s'endort quand une silhouette encapuchonnée apparaît dans un coin de sa chambre.

Grace est kidnappé par le tueur qui traquaient les anciens membres du CBI. Mais malgré que le suspect principal semble avoir un alibi en béton, Jane va devoir utiliser toutes ses compétences pour la trouver avant que le temps ne soit écoulé...

Un homme, John Hennigan, est assassiné dans sa galerie d'art sous les yeux de sa femme. Les tueurs repartent en volant plusieurs tableaux, dont un très personnel pour la femme de la victime. Jane propose alors à la brigade des arts du FBI de les aider à résoudre cette enquête. Pour cela, toute l'équipe devra respecter un rôle sous-couverture pour démasquer le meurtrier. Jane et Lisbon se font alors passer pour un couple de voleurs d'art, et réussissent à coincer le chef de la bande. Ils retrouvent le butin des voleurs et Jane rend le tableau volé à la femme de Hennigan.Aussi, l'agent Marcus Pike de la brigade des arts tombe sous le charme de Lisbon et lui propose un rendez-vous romantique.

Au cours d'une enquête impliquant un attentat à la bombe, Abbott décide de résoudre un meurtre vieux de dix ans pour innocenter un proche de la victime, condamné à mort. A quelques heures de la sentence, Jane et l'équipe mettent en place un stratagème pour faire craquer le véritable coupable.

Jane et Lisbon sont envoyés au milieu de la forêt nationale Sam Houston afin d'y résoudre le meurtre d'une jeune femme. Ils découvrent que la victime s'était rendue dans un club d'élite. Lorsqu'un deuxième corps est retrouvé, Jane tend un piège aux hommes du club avec l'aide de Lisbon et Abbott pour démasquer le coupable.

Lors d'une soirée ordinaire, Jane décide de suivre un individu louche qui le mène à une jeune femme mourante. Le FBI découvre ainsi un immense réseau de contrebande de jeunes filles. Grâce à un stratagème mis en scène par Jane et Abbott, ils délivrent une trentaine de filles, mais découvrent qu'il y en a beaucoup d'autre à secourir. Aussi, Lisbon fait part à Jane de la proposition que Pike lui a faite.

Cho poursuit l'enquête sur le trafic de jeunes filles. Il finit par découvrir la raison pour laquelle ces dernières sont enlevées : trafic d'organes. Pendant ce temps, Patrick enquête sur John Arcado, un présumé meurtrier qui se servait du restaurant Il Tavolo Bianco comme couverture pour ses activités criminelles. Teresa se demande si elle doit déménager à Washington avec Marcus ou rester avec Patrick.

Patrick Jane et le FBI doivent mettre tout en œuvre pour arrêter Michael Ridley, un patron d'un grand réseau de trafic d'organes.

Cho dit à Jane que Teresa a décidé d'accepter la proposition de suivre Pike à Washington DC. Lisbon découvre que Jane a ressorti un vieux meurtre et a manipulé tout le FBI pour réussir à la retenir et à avoir un moment en tête-à-tête avec elle. Après avoir découvert la vérité elle décide de partir plus tôt que prévu. Au moment de prendre l'avion pour aller à Washington DC, Jane en sautant par-dessus la grille de sécurité et en se blessant la retrouve dans l'avion et il lui déclare qu'il l'aime plus que tout. Jane est enlevé de force de l'avion. Plus tard, Teresa retrouve Patrick et lui dit qu'elle ne part pas. Teresa demande si ce qu'il pensait était vrai et ce dernier lui dit qu'il pensait chaque mot. Teresa lui répond qu'elle pense la même chose que lui et lui demande de redire ce qu'il lui a dit mais au lieu de ça, il se lève et vient l'embrasser.